Die Edition wurde als bilaterales Unternehmen gegründet. Die Herausgabe besorgten ein österreichisches und ein ungarisches Komitee, denen u. a. angehörten: Univ. Prof. DDr. Friedrich Engel-Janosi, Oberstaatsarchivar Dr. Richard Blaas, Univ. Prof. Dr. Heinrich Lutz, Generaldirektor Univ. Prof. Dr. Hanns Leo Mikoletzky, Univ. Prof. Dr. Richard Georg Plaschka, Univ. Prof. Dr. Helmut Rumpler. Univ. Prof. Dr. Gerald Stourzh, Univ. Prof. Dr. Peter Hanák und Oberstaatsarchivar Dr. Miklós Komjáthy.
1993 wurde anstelle der beiden Komitees ein gemeinsamer wissenschaftlicher Beirat eingerichtet. Ihm gehörten zuletzt an:
Hofrat Hon. Prof. Dr. Leopold Auer, Univ. Prof. Dr. Moritz Csáky, Univ. Prof. Dr. István Diószegi, Univ. Prof. Dr. Ferenc Glatz, Hofrätin Univ. Prof. Dr. Waltraud Heindl, Univ. Doz. Dr. Vilmos Heiszler (†), Mag. Thomas Just, Dr. Thomas Kletečka, Dr. Stefan Malfèr, Generaldirektor Hofrat Hon. Prof. Dr. Lorenz Mikoletzky, Univ. Prof. Dr. Emil Palotás, Dr. Imre Ress, Dr. habil. Éva Somogyi, Univ. Prof. Dr. Arnold Suppan und Dr. Zoltán Szász.
2008 übernahm die Kommission für die Geschichte der Habsburgermonarchie der Österreichischen Akademie der Wissenschaften die Herausgeberschaft, sie war zugleich der Wissenschaftliche Beirat für die erste Serie der Österreichischen Ministerratsprotokolle in der Nachfolge des bisherigen gemeinsamen wissenschaftlichen Beirates. Mit 1. 1. 2013 wurde die Kommission für die Geschichte der Habsburgermonarchie in das neu gegründete Institut für Neuzeit- und Zeitgeschichtsforschung der Österreichischen Akademie der Wissenschaften übergeführt. Dieses Institut, seit 2020 in Institut zur Erforschung der Habsburgermonarchie und des Balkanraumes (IHB) umbenannt, nimmt nunmehr die Herausgeberschaft wahr.
Die Serie der Protokolle des gemeinsamen Ministerrates wird vom Institut für Geschichte der Ungarischen Akademie der Wissenschaften herausgegeben.